Wystawa "Toruń i jego historia" na powierzchni ponad tysiąca metrów kwadratowych pokazuje dzieje miasta od początków osadnictwa po czasy współczesne, ale przybliża też życie codzienne jego mieszkańców.
Na parterze Domu Eskenów zaprezentowano okres prahistoryczny oraz średniowiecze. Toruń ukazany został jako miasto hanzeatyckie, w którym kwitł handel zarówno wiślany, jak i dalekomorski oraz rozwijało się miejscowe rzemiosło. Na wystawie w Muzeum Historii Torunia nie pominięto także historii zakonu krzyżackiego, założyciela Starego i Nowego Miasta Torunia. Chętni mogą sfotografować się w stroju rycerza zakonnego lub odbić na pamiątkę wizerunek jednej z najstarszych pieczęci Torunia.
Na pierwszym piętrze Domu Eskenów, na które wiedzie klatka schodowa z ciekawą prezentacją najważniejszych wydarzeń z dziejów miasta, przedstawione są czasy nowożytne. Oprócz eksponatów takich jak dawna broń, monety, faksymile dokumentów, wizerunki władców, stroje czy inne zabytki związane z funkcjonowaniem w mieście cechów rzemieślniczych obejrzeć można multimedialną prezentację o historii powstania dzwonu Tuba Dei lub o wojnach polsko-szwedzkich. Trudnym wyzwaniem może okazać się samodzielne zbudowanie z drewnianych elementów modeli dwóch kościołów: katolickiego i ewangelickiego.
Spacer po kolejnych kondygnacjach Domu Eskenów przenosi zwiedzających w czasy zaboru pruskiego oraz okresu Księstwa Warszawskiego – zebrano tu m.in. kolekcję broni, czy atrybuty władz miejskich, jak choćby pieczęcie i szyldy. Dla Torunia jest to okres budowy twierdzy – zespołu obiektów, który fascynuje do dziś. Na znajdującym się w sali stole sztabowym wyświetlane są multimedialne plany fortyfikacji. Inne prezentacje pokazują m.in., jak wyglądało miasto w tamtej epoce oraz jak fundamentalne znaczenie dla rozwoju Torunia miało doprowadzenie kolei żelaznej. W wersji cyfrowej podziwiać można także plenerowe fotografie autorstwa Eduarda Flottwella, wykonane z okazji wjazdu do Torunia pierwszego pociągu.
Drugie piętro Muzeum Historii Torunia to również miejsce prezentacji pamiątek z okresu odzyskania niepodległości, sylwetek prezydentów miasta czy fotografii lotniczych Torunia. Bardzo ciekawe są świadectwa życia codziennego torunian w okresie międzywojennym, jak choćby reklamy i foldery miejscowych kin, a także przedmioty codziennego użytku takie jak narzędzia fryzjerskie, formy do wyrobu mydła i wiele innych. Całości dopełnia unikatowy film ukazujący ówczesny Toruń, który nakręcony został przez Bogusława Magierę amatorską kamerą w latach 30. XX wieku
Na wystawie nie mogło oczywiście zabraknąć pamiątek z czasów II wojny światowej – zdjęć z okresu okupacji, świadectw konspiracji i eksterminacji. Cennym i unikatowym eksponatem jest jedna z kilku zachowanych w Polsce maszyn szyfrujących Enigma.
Wizytę w Muzeum Historii Torunia kończy, sentymentalna dla wielu osób, podróż do czasów PRL-u. Zgromadzone tu klasyki ówczesnego designu ukazane na tle fotografii z czasu budowy największego toruńskiego osiedla z wielkiej płyty, wspomnienia dotyczące toruńskiego sportu oraz kultury i sztuki ukazują zachodzące zmiany społeczne. W tej części wystawy opowiedziano także o trudnych przemianach politycznych lat powojennych.
Dodatkową atrakcją jest film w technologii 3D „Księga Toruń”. Na koniec zwiedzania można jeszcze zajrzeć do piwnicy edukacyjnej, przygotowanej z myślą o najmłodszych, ale nie tylko. Wiedzę o dziejach Torunia porządkują tu krótkie filmiki wyświetlane w formie osi czasu. Najmłodsi mogą spróbować swoich sił w układaniu puzzli z toruńskimi budynkami i strojami z minionych epok.