Muzeum Twierdzy Toruń mieści się w budynku dawnych Koszar Bramy Chełmińskiej, będących elementem XIX-wiecznego fortecznego systemu obronnego, powstałego dla wzmocnienia wschodniej granicy Prus. Dziś toruńskie fortyfikacje to jeden z najlepiej zachowanych w Europie zespołów budowli obronnych, stanowiący niezwykle cenny zabytek architektury militarnej. W twierdzy Toruń miłośnicy dawnego budownictwa obronnego mają okazję podziwiać doskonale zachowany zespół obiektów, składający się z fortów, schronów, baterii artyleryjskich i budowli zaplecza.

W ramach zwiedzania Muzeum Twierdzy Toruń odwiedzający poznają Koszary Bramy Chełmińskiej, mieszczące kiedyś około 160 żołnierzy i dołączone do niego laboratorium amunicyjne. To ostatnie służyło do przygotowywania amunicji dla dział ustawionych na wale przykrywającym budynek. Długi, mierzący 113 metrów blok koszarowy, składa się z trzech skrzydeł, mieszczących 16 komór podzielonych na 26 pomieszczeń. Obiekt zabezpieczono przed ogniem artyleryjskim, wylewając nad sklepieniami pomieszczeń, ponad metrowej grubości warstwę betonu, skutecznie chroniącą przed wszelkimi stosowanymi wówczas pociskami.

W salach dawnych koszar przygotowano wystawę, która za pomocą plansz, makiet, dioram i urządzeń multimedialnych przybliża zwiedzającym wielowiekową historię fortyfikacji Torunia oraz wszelkie aspekty z nią związane. Ekspozycję uzupełniają cenne eksponaty m.in. przewoźna wieża pancerna oraz broń będąca na wyposażeniu żołnierzy broniących miasta. W salach ekspozycyjnych Muzeum Twierdzy Toruń można zapoznać się z poszczególnymi etapami powstawania i funkcjonowania Twierdzy, od średniowiecza, poprzez czasy nowożytne, wiek XIX aż do końca II wojny światowej.

Tematyka poszczególnych bloków prezentowana jest w sposób chronologiczny, pozwalający na ukazanie ewolucji fortów toruńskich na przestrzeni dziejów sztuki fortyfikacyjnej. Przygotowując się do zwiedzania Muzeum warto zwrócić uwagę na to, że w każdej sali wystawowej (komorze koszar) przedstawiono jedno zagadnienie:
- rozwój przestrzenny fortyfikacji (ich rdzenia i zewnętrznego pasa umocnień);
- dzieje Torunia, gdy był on miastem przygranicznym;
- wpływ twierdzy na miasto;
- pruskie koncepcje fortyfikowania Torunia;
- garnizon twierdzy i jego współistnienie z miastem;
- codzienność twierdzy;
- wybitnych dowódców;
- sprzęt wojskowy związany z twierdzą.