Muzeum mieści się przy ul. Gdańskiej 5. Muzeum założono w 2003 roku, by uczcić jubileusz 150-lecia tutejszej apteki i przypomnieć dzieje bydgoskiego aptekarstwa zaczerpnięte z 9 innych miejsc związanych z bydgoską farmacją. W muzealnej części Apteki "Pod Łabędziem” znajduje się zielarnia, jedyne w Polsce laboratorium galenowe, biblioteka, receptura i korytarz z eksponatami. Zgromadzonych jest ponad 7 tysięcy eksponatów, w tym np. automatyczną tabletkarkę firmy Fritz Kilian z 1905, oraz kilka tysięcy książek dotyczących historii aptekarstwa.